ก่อนจะมีการเปลี่ยนแปลงการปกครองแผ่นดิน เมื่อวันที่ ๒๔ มิถุนายน ๒๔๗๕ พระมหากษัตริย์ทรงเป็นศูนย์กลางอำนาจของประเทศ ถ้าจะพูดตามหลักอธิปไตยตามที่เข้าใจในปัจจุบันก็คือ ทรงเป็นเจ้าของอำนาจอธิปไตย หรือองค์รัฏฐาธิปัตย์ ทรงมีและทรงใช้ทั้งอำนาจในส่วนของการบริหาร นิติบัญญัติ และตุลาการสำเร็จเด็ดขาดในพระองค์เอง ในการบริหารราชการแผ่นดิน ทรงเป็นรัฐบาลแต่อาจทรงปรึกษาราชการกับบุคคลหรือคณะบุคคลใดก็ได้ และในทางปฏิบัติก็มักทรงปรึกษาราชการเช่นว่านั้นอยู่เสมอ ตามจดหมายเหตุพระราชานุกิจในรัชกาลต่าง ๆ ก็ระบุตรงกันว่าในแต่ละวันจะต้องมีเวลาที่เสด็จออกว่าขุนนางหรือประชุมเสนาบดี ซึ่งก็คล้ายกับการประชุมคณะรัฐมนตรีนั่นเอง แต่พระราชอำนาจสิทธิขาดจะอยู่ที่องค์พระมหากษัตริย์ เสนาบดีทั้งหลายเป็นเพียงผู้ทำการต่างพระเนตรพระกรรณ และนำราชการบ้านเมืองมากราบบังคมทูล เพื่อทรงทราบฝ่าละอองธุลีพระบาท และรับ พระบรมราชวินิจฉัยไปปฏิบัติในลักษณะนี้พระราชอำนาจจะคล้ายกับอำนาจของประมุขในระบบประธานาธิบดีมากกว่าจะเหมือนกับอำนาจของนายกรัฐมนตรีในระบบรัฐสภา ในบางสมัยก็จะทรงมีที่ปรึกษาราชการแผ่นดิน เช่น ในสมัยรัชกาลที่ ๕ ทรงตั้งเจ้าพระยาอภัยราชา (โรแลง ยัคแมงส์) ชาติเบลเยี่ยม เป็นที่ปรึกษาตรวจสอบราชการทุกกระทรวงก่อนจะนำขึ้นกราบบังคับทูล จนมีคนเรียกเจ้าพระยาอภัยราชาว่า “ไปรม์ มินิสเตอร์” พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๕ ได้ทรงสังเกตเห็นความข้อนี้ จึงมีพระราชหัตถเลขาว่า “ราชการในเมืองเรานี้ ถ้าจะเทียบกับประเทศอื่น ๆ แต่เดิม ๆ มานั้น การเอกเสกคิวติฟกับลียิสเลติฟรวมอยู่ในเจ้าแผ่นดินกับเสนาบดีโดยมาก… เมื่อการภายหลังมามีเหตุการณ์ในคอเวอนเมนต์มากขึ้น เป็นโอกาสที่เราจะได้แซกมือลงไปได้บ่อย ๆ เราจึงได้ถือเอาอำนาจเอกเสกคิวติฟได้ทีละน้อยๆ จนภายหลังตามลำดับจนกระทั่งถึง บัดนี้ เรากลายเป็นตัวคอเวอนเมนต์” อำนาจเอกเสกคิวติฟก็คือ อำนาจในการบริหารราชการแผ่นดินนั่นเอง

     ในการออกว่าราชการหรือการประชุมขุนนางและเสนาบดีต่าง ๆ ซึ่งสมัยเดิมมักเป็นการประชุมในท้องพระโรง ต่อมาเปลี่ยนเป็นการนั่งโต๊ะอย่างตะวันตกนั้น ไม่ปรากฏว่าหน่วยงานใดเป็นฝ่ายเลขานุการหรือทำหน้าที่อย่างสำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรีทุกวันนี้ แต่เข้าใจว่ากรมพระอาลักษณ์น่าจะเป็นหน่วยงานสำคัญด้านนี้ เพราะเป็นทั้งผู้รักษาพระราชกำหนด บทพระอัยการ เป็นทั้งผู้มีหน้าที่คัดลอกใบบอกและหนังสือรายงานข้อราชการเพื่อกราบบังคมทูล ตลอดจนเป็นผู้มีหน้าที่คัดประกาศพระบรมราชโองการ และยกร่างหนังสือพระราชหัตถเลขา เพื่อทรงลงพระปรมาภิไธย แจ้งไปยังหน่วยงานต่าง ๆ รวมความแล้วก็คืองานของสำนักนิติธรรม สำนักอาลักษณ์และเครื่องราชอิสริยาภรณ์และสำนักบริหารการประชุมคณะรัฐมนตรี ของสำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรีในเวลานี้ นั่นเอง

     กรมพระอาลักษณ์เป็นหน่วยงานราชเลขานุการด้านหนังสือของพระมหากษัตริย์มาทุกยุคทุกสมัย มีผู้บังคับบัญชารับผิดชอบเป็นขุนนางผู้ใหญ่ ปรากฏราชทินนามว่า “สุนทรโวหาร” บ้าง “สารประเสริฐ” บ้างสมัยนั้นยังไม่มีการพิมพ์ ดังนั้น การคัดลอก การจารึกหรือบันทึกข้อความต่าง ๆ ต้องใช้วิธีชุบหมึกเขียน ซึ่งต้องอาศัยลายมือที่สวยงาม และผู้เขียนต้องรักษาความลับในราชการได้ เพราะเรื่องราวที่บันทึกส่วนใหญ่จะเป็นเรื่องปกปิด กรมพระอาลักษณ์จึงเป็นหน่วยงานของผู้ที่รู้หนังสือแตกฉาน มีลายมือสวยงามและเป็นที่ไว้วางพระราชหฤทัย แม้ทางฝ่ายวังหน้าหรือกรมพระราชวังบวรสถานมงคล ซึ่งก็มีงานเกี่ยวกับหนังสือของตนเอง อันจำเป็นต้องมีคนที่ไว้วางใจได้อีกกรมหนึ่ง แยกจากฝ่ายวังหลวง ก็มีกรมพระอาลักษณ์ของวังหน้าต่างหากออกไป สุนทรภู่ หรือพระสุนทรโวหาร (ภู่) นั้น ก็สังกัดกรมพระอาลักษณ์ ฝ่ายวังหน้า นอกจากกรมพระอาลักษณ์แล้ว พระมหากษัตริย์ยังทรงมี “สตาฟ” สำคัญอีกหน่วยหนึ่ง คือ ราชเลขานุการ ซึ่งกำกับดูแลงานหนังสือส่วนพระองค์ เป็นเหตุให้พลอยรับผิดชอบงานการประชุมเสนาบดี ด้วยราชเลขานุการมักเป็นพระบรมวงศานุวงศ์ หรือมิฉะนั้นก็เป็นขุนนางใหญ่ งานของราชเลขานุการในอดีตตรงกับงานบางส่วนของราชเลขาธิการ เลขาธิการนายกรัฐมนตรี และเลขาธิการคณะรัฐมนตรีในขณะนี้

     การปรับปรุงครั้งสำคัญเกิดขึ้นในสมัยรัชกาลที่ ๕ เมื่อ พ.ศ. ๒๔๓๕ โดยได้จัดตั้งกระทรวงมุรธาธรขึ้น และแบ่งส่วนราชการพร้อมทั้งกำหนดขอบเขตหน้าที่ใหม่ให้ชัดเจนดังนี้ กรมพระอาลักษณ์ ปฏิบัติงานด้านเอกสารและหนังสือ กรมรัฐมนตรีสภา ปฏิบัติงานประชุมเสนาบดี และกรมราชเลขานุการ ปฏิบัติงานรับใช้พระมหากษัตริย์ในราชการส่วนพระองค์ตามนัยนี้ อาจกล่าวได้ว่า กรมพระอาลักษณ์และกรมรัฐมนตรีสภาที่จัดแบ่งใหม่เป็นที่มาของสำนักเลขาธิการคณะ รัฐมนตรีอย่างแท้จริง แต่เป็นที่น่าเสียดายที่ใน พ.ศ. ๒๔๓๙ ได้มีการยุบกระทรวงมุรธาธร และรวมเอากรมทั้งสามไว้ในความรับผิดชอบของราชเลขานุการแต่ผู้เดียว ครั้นถึงสมัยรัชกาลที่ ๖ ได้มีการตั้งกระทรวงมุรธาธรขึ้นใหม่ใน พ.ศ. ๒๔๕๔ แต่ให้มีเฉพาะ กรมพระอาลักษณ์และกรมราชเลขานุการ ซึ่งภายหลังเปลี่ยนชื่อเป็นกรมราชเลขาธิการ ส่วนกรมรัฐมนตรีสภานั้นไม่ได้ตั้งขึ้นแต่ให้งานด้านนี้อยู่ในบังคับบัญชาของราชเลขาธิการ และกรมทั้งสองนี้ร่วมกันรับผิดชอบการประชุมเสนาบดีมาโดยตลอด

     เมื่อเปลี่ยนแปลงการปกครองแล้ว กรมราชเลขาธิการก็เปลี่ยนภารกิจไปถวายรับใช้เฉพาะพระมหากษัตริย์ในฐานะที่ทรงเป็นประมุข ส่วนงานบริหารราชการแผ่นดินที่เคยอยู่กับพระมหากษัตริย์ ก็โอนไปอยู่ที่คณะรัฐมนตรี ตามกฎหมายรัฐธรรมนูญ เมื่อเป็นเช่นนี้ก็ต้องตั้งหน่วยงานคล้าย ๆ กรมพระอาลักษณ์และกรมราชเลขาธิการ ขึ้นใหม่ แต่ให้ทำงานกับคณะรัฐมนตรี ซึ่งในที่สุดก็ได้ตั้งกรมเลขาธิการคณะกรรมการราษฎรขึ้นเมื่อวันที่ ๑๔ กันยายน ๒๔๗๕ และต่อมาเมื่อประกาศใช้รัฐธรรมนูญในวันที่ ๑๐ ธันวาคม พ.ศ. ๒๔๗๕ แล้ว ก็ได้เปลี่ยนชื่อเป็นกรมเลขาธิการคณะรัฐมนตรีให้เข้ากับชื่อของรัฐบาล ตามที่รัฐธรรมนูญกำหนดให้เรียกว่า “คณะรัฐมนตรี” โดยมีรองอำมาตย์เอกประยูร ภมรมนตรี หนึ่งในคณะผู้ก่อการฝ่ายพลเรือนเป็นเลขาธิการคนแรก

     ใน พ.ศ. ๒๔๙๕ ได้มีการประกาศใช้พระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน พ.ศ. ๒๔๙๕ ซึ่งกำหนดให้มีกรมเลขาธิการคณะรัฐมนตรี สังกัดสำนักนายกรัฐมนตรี และทำหน้าที่เป็นสำนักงานปลัดกระทรวงของสำนักนายกรัฐมนตรีด้วย โดยมีเลขาธิการคณะรัฐมนตรีเป็นผู้รับผิดชอบ (ขณะนั้นไม่มีปลัดสำนักนายก รัฐมนตรี)ครั้นถึง พ.ศ. ๒๔๙๖ ก็ได้มีการแก้ไขกฎหมายดังกล่าว โดยเปลี่ยนชื่อสำนักนายกรัฐมนตรีเป็นสำนัก คณะรัฐมนตรี และให้มีเลขาธิการคณะรัฐมนตรีสองคน คือ ฝ่ายการเมืองรับผิดชอบงานสำนักคณะรัฐมนตรีด้านการเมืองทั้งหมด และฝ่ายบริหารรับผิดชอบงานสำนักคณะรัฐมนตรีด้านบริหารและราชการประจำทั้งหมด โดยมีกรมสารบรรณคณะรัฐมนตรีฝ่ายบริหารอยู่ในบังคับบัญชา การแบ่งงานเช่นนี้ ทำให้ราชการไม่ราบรื่นเท่าใดนัก และก่อให้เกิดความสับสนในการออกหนังสือแจ้งเรื่องราวต่าง ๆ ไปยังส่วนราชการและบุคคลภายนอก ดังนั้น ใน พ.ศ. ๒๕๐๒ ก็ได้มีการออกพระราชบัญญัติ จัดระเบียบราชการสำนักนายกรัฐมนตรี พ.ศ. ๒๕๐๒ เปลี่ยนชื่อสำนักคณะรัฐมนตรีเป็นสำนักนายกรัฐมนตรีอีกครั้งหนึ่งและให้มีสำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรีเป็นหน่วยงานระดับกรมสังกัดสำนักนายกรัฐมนตรีประกอบด้วย กองกลาง กองการประชุมคณะรัฐมนตรี กองนิติธรรม และกองประกาศิต ซึ่งจะเห็นได้ว่า กองทั้งสี่มีที่มาจากกรมพระอาลักษณ์และกรมรัฐมนตรีสภานั่นเอง แม้ตำแหน่งอาลักษณ์ก็ยังมีสืบมาจนทุกวันนี้ โดยเป็นเจ้าหน้าที่อยู่ใน สำนักอาลักษณ์และเครื่องราชอิสริยาภรณ์ สำหรับหัวหน้าส่วนราชการนั้นให้มีเลขาธิการคณะรัฐมนตรีเป็นข้าราชการประจำเทียบเท่าปลัดกระทรวงเป็นผู้บังคับบัญชาส่วนตำแหน่งเลขาธิการคณะรัฐมนตรีฝ่ายการเมืองให้ยุบเลิกเสีย นายมนูญ บริสุทธิ์เป็นเลขาธิการคณะรัฐมนตรีคนแรกตามโครงสร้างใหม่นี้

     หลังจากนั้นได้มีการปรับปรุงกฎหมายอีกหลายครั้ง แต่ก็มิได้กระทบสำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรีแต่อย่างใด ในส่วนของหน่วยงานนี้เองได้มีการจัดตั้งส่วนงานภายในเพิ่มขึ้นอีกอันเป็นการขยายงานให้กว้างขวางขึ้น เช่นใน พ.ศ. ๒๕๑๘ มีการตั้งกองโรงพิมพ์ ใน พ.ศ. ๒๕๒๘ มีการตั้งกองประสานนโยบายและแผน กองประมวลและติดตามผลมติคณะรัฐมนตรี และศูนย์ข้อมูลคณะรัฐมนตรี และใน พ.ศ. ๒๕๓๘ ได้มีการปรับโครงสร้างของสำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรีใหม่ โดยแบ่งเป็น ๔ สำนัก ๓ กอง คือ สำนักนิติธรรม สำนักบริหาร การประชุมคณะรัฐมนตรี สำนักบริหารงานสารสนเทศ สำนักอาลักษณ์และเครื่องราชอิสริยาภรณ์ กองกลาง กองประสานนโยบายและแผน และกองโรงพิมพ์ ต่อมาใน ๒๕๔๙ได้มีกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการสำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรี สำนักนายกรัฐมนตรี พ.ศ. ๒๕๔๙ แบ่งส่วนราชการสำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรี โดยแบ่งเป็น ๗ สำนัก ๑ กอง ได้แก่ สำนักบริหารกลาง สำนักนิติธรรม สำนักบริหารงานสารสนเทศ สำนักพัฒนายุทธศาสตร์และติดตามนโยบายพิเศษ สำนักวิเคราะห์เรื่องเสนอคณะรัฐมนตรี สำนักส่งเสริมและประสานงานคณะรัฐมนตรี สำนักอาลักษณ์และเครื่องราชอิสริยาภรณ์ กองการประชุมคณะรัฐมนตรีในปัจจุบัน สำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรีเป็นส่วนราชการเทียบเท่ากรม สังกัดสำนักนายกรัฐมนตรี มีเลขาธิการคณะรัฐมนตรีซึ่งเป็นข้าราชการพลเรือน นักบริหาร ระดับสูง (ข้าราชการประจำ) เป็นผู้บังคับบัญชาขึ้นตรงต่อนายกรัฐมนตรี สำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรีแยกต่างหากจากสำนักเลขาธิการนายกรัฐมนตรี ซึ่งมีเลขาธิการนายกรัฐมนตรี เป็นผู้บังคับบัญชาและเป็นข้าราชการการเมือง ในทางปฏิบัติมักมีผู้สับสนการเรียกชื่อและภารกิจของหน่วยงานทั้งสองตลอดจนตำแหน่งหัวหน้าหน่วยงานทั้งสองนี้เสมอ ถ้าจะสรุปความแตกต่างระหว่างหน่วยงาน ทั้งสองก็ต้องกล่าวว่าสำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรีปฏิบัติงานในส่วนของการประชุมและการให้บริการคณะรัฐมนตรีทั้งคณะ เช่น ดำเนินการประชุมคณะรัฐมนตรี การแจ้งมติคณะรัฐมนตรี การติดต่อกับรัฐสภาในนามของ คณะรัฐมนตรี การขอพระราชทานพระมหากรุณาธิคุณในนามของคณะรัฐมนตรี การนำมติคณะรัฐมนตรีในเรื่องอันไม่อยู่ในอำนาจหน้าที่ของกระทรวงใดไปปฏิบัติ เช่น การขอพระราชทานเครื่องราชอิสริยาภรณ์ การตรา พระราชกฤษฎีกายุบสภา การเปิดและปิดสมัยประชุมรัฐสภา ส่วนสำนักเลขาธิการนายกรัฐมนตรีปฏิบัติงานเฉพาะในส่วนของนายกรัฐมนตรี รองนายกรัฐมนตรี และรัฐมนตรีประจำสำนักนายกรัฐมนตรี เช่น การตั้งกรรมการ ต่าง ๆ ตามคำสั่งนายกรัฐมนตรี การตรวจสอบและวิเคราะห์ข่าวสารเสนอนายกรัฐมนตรี การต้อนรับแขกในพิธีการต่าง ๆ ที่นายกรัฐมนตรีเป็นเจ้าภาพ และการปฏิบัติภารกิจที่นายกรัฐมนตรีมอบหมาย เป็นต้น